Cool Features

Tę stronę można uznać za zbiór porad i sztuczek, które nie zmieściły się na innych stronach. Nawet Swiss-PdbViewer jest dość intuicyjny, i jest w nim pochowanych kilka ciekawych funkcji o których należało by wspomnieć. Dlatego przeczytanie tej strony przemieni Cię drogi czytelniku w Swiss-PdbViewer guru.

"Opcje" kliknij na nazwę grupy (prawy przycisk myszy na PC) lub w panelu sterowania lub w oknie align co spowoduje wyśrodkowanie widoku na węglu alfa zaznaczonej grupy w oknie wyświetlania. Jest to bardzo przydatne dla grup które znalazły się poza ekranem, oraz można używać do obracania cząsteczki wokół węgla alfa (zob. punkt o rotation tool).

Wciśnięcie "help" lub przycisku "=" na klawiaturze (klucz "Insert" lub prawy przycisk myszy dla użytkowników komputerów PC) automatycznie przeniesie skalę cząsteczki tak, że wszystkie widoczne grupy zaczną mieścić się na widoku.

Przy kliknięciu "Shift" na dowolnej kolumnie w panelu sterowania zastosowane zostaną zmiany dla wszystkich grup, np.: kliknij "Shift" na kolumnie "side" to pojawią/schowają się wszystkie łańcuchy boczne. Kliknij "Shift" kolumnie "Color" wstawi nowy kolor dla wszystkich grup....

Można przejść bezpośrednio do górnej lub dolnej części panelu sterowania, okna Align lub okna tekstowego, przy pomocy klawiatury za pomocą klawiszy "Page-up"i"Page-down ". (nic nadzwyczajnego tutaj).
Gdy tryb Slab (płyta/karta?) jest aktywowany, jego pozycje wzdłuż osi Z można zmienić, poprzez przytrzymywanie klawisza "Shift" podczas przesuwania myszy w górę lub w dół. To pozwala spojrzeć na różne części białka.

Możliwe jest uszeregowania aminokwasów, zaznaczając je, a następnie korzystając z opcji "Rename Current Layer", w menu "Edit". Będziesz poproszony o podanie numeru, który będzie wybrany dla pierwszego zaznaczonego aminokwasu. Następne wybrane aminokwasy będą odpowiednio oznaczane.

• Możesz zmienić gęstość kropek w oknie, które pozwala na zmianę cech charakterystycznych, tj. rozmiar, kąt widzenia, itd.
Prosimy pamiętać, że kropkowana powierzchnia jest obliczana ponownie po każdej operacji i może to potrwać trochę czasu (jednak można przerwać ten proces w dowolnym momencie naciskając klawisz "Esc").
Zauważ że możesz chwilowo zapobiec wyświetlaniu wszystkich powierzchni kropek nawet jeżeli są zaznaczone"on" w panelu kontrolnym w opcjach menu "Display".
Przytrzymanie klawisza "Shift" podczas wybrania którejkolwiek z "Color By " z menu "Dispaly" zastosuje zmiany do wszystkich warstw.
Trzymając klawisz "Ctrl " podczas wybrania którejkolwiek z opcji "Color By " z menu "Dispaly" spowoduje zmiany zastosowanie zmian tylko do wybranych grup.
Przytrzymanie klawisza "Shift" podczas zaznaczania aminokwasów w oknie "Align" również wybiera takie same aminokwasy innych warstw. .
Kliknięcie na klawisz "*", gdy kursor myszki jest na górze aminokwasu w oknie "Align" otworzy bibliotekę rotamerów aby wybrać najlepszy łańcuch boczny.
Kliknięcie na linii ATOM lub HETATM w pliku pdb spowoduje automatyczne wycentrowanie widoku na kliknięty atom i wyświetli tylko grupy, które są w sferze 7L wokół tego atomu.
Klikając na linii CRYST1 pliku pdb zacznie ładować się tekst z informacją o jednostek komórki (Jednostka komórki jest wyświetlana tylko wtedy kiedy odpowiednia opcja z preferencji EDM jest włączone).
Klikając na linijce MTRX pliku pdb spowoduje wczytanie macieży transformacji i pozwoli ci na zaaplikowanie jej do obecnie zanaczonych grup wybranej warstwy.
Kliknięcie na linii pliku tekstowego zawierającego nazwę aminokwasu po którym jest liczba spowoduje wycentrowanie widoku na reszcie tego aminokwasu (pod warunkiem, że taka grupa istnieje w bieżącej warstwie). Jest to bardzo przydatne do kontrolowania i sprawdzania wyników [4].
• Za pomocą strzałki w lewo i prawo można wyśrodkować widok wokół węgla alfa następnej (lub poprzedniej reszty) przy załadowanej mapie gęstości elektronowej.
; Za pomocą strzałki w górę i w dół można zmienić kształtujące się wartość sigma, gdy załadowana jest mapa gęstości elektronowej (użyj klawisza "Shift" otrzymać następne wartości konturowe).